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Microbiome changes, increased gut permeability and the disputed SIBO diagnostics in ME/CFS, Long COVID and POTS.

Die Darm-Hirn-Achse bezeichnet die bidirektionale Kommunikation zwischen Darm und Gehirn über den Vagusnerv, das Immunsystem und mikrobielle Stoffwechselprodukte. Bei ME/CFS, Long COVID und POTS wird zunehmend untersucht, ob Veränderungen im Darmmikrobiom und in der Darmbarriere zum Beschwerdebild beitragen — die Forschung dazu ist noch jung, teils widersprüchlich und in wichtigen Punkten (insbesondere bei der SIBO-Diagnostik) offen umstritten.
The gut-brain axis refers to the bidirectional communication between gut and brain via the vagus nerve, the immune system and microbial metabolites. In ME/CFS, Long COVID and POTS, it is increasingly being studied whether changes in the gut microbiome and gut barrier contribute to the symptom picture — the research on this is still young, partly contradictory and, on important points (especially SIBO diagnostics), openly disputed.
Zwei vom US-amerikanischen NIH geförderte Studien (Columbia University, n=106 Betroffene/91 Kontrollen; Jackson Laboratory, n=149 Betroffene/79 Kontrollen) fanden 2023 konsistente Unterschiede im Darmmikrobiom: reduzierte Buttersäure-produzierende Bakterien (u. a. Faecalibacterium prausnitzii, Eubacterium rectale) bei gleichzeitig erhöhten, mit Entzündung assoziierten Arten (u. a. Ruminococcus gnavus). Butyrat liefert einen erheblichen Teil der Energie für Darmzellen und unterstützt die Immunfunktion — sein Mangel gilt als potenziell relevanter Mechanismus, ist aber nicht als Ursache bewiesen, sondern zunächst eine Assoziation. Bei länger erkrankten Betroffenen war das Mikrobiom stabiler, die Beschwerden aber schwerer ausgeprägt — ein Hinweis auf mögliche längerfristige Folgeschäden, aber noch keine Erklärung.
Two US NIH-funded studies (Columbia University, n=106 affected/91 controls; Jackson Laboratory, n=149 affected/79 controls) found consistent differences in the gut microbiome in 2023: reduced butyrate-producing bacteria (among them Faecalibacterium prausnitzii, Eubacterium rectale) alongside increased, inflammation-associated species (among them Ruminococcus gnavus). Butyrate supplies a substantial part of the energy for gut cells and supports immune function — its deficit is considered a potentially relevant mechanism, but is not proven as a cause, merely an association so far. In people ill for longer, the microbiome was more stable but symptoms were more severe — a hint at possible longer-term downstream damage, but not yet an explanation.
Eine spanische Pilotstudie (Frontiers in Immunology, 2023) mit 30 ME/CFS-Betroffenen, 22 Fibromyalgie-Betroffenen und 26 Kontrollpersonen fand bei beiden Patientengruppen erhöhte Marker für Darmbarriere-Störung und bakterielle Translokation (u. a. Zonulin-1, Lipopolysaccharide/LPS, lösliches CD14) gegenüber Kontrollen. Bei ME/CFS korrelierte Zonulin-1 zudem mit dem Ausmaß autonomer Dysfunktion (gemessen mit dem COMPASS-31-Fragebogen) — ein möglicher, aber nicht kausal belegter Zusammenhang zwischen Darmbarriere und Dysautonomie. Die Stichproben sind klein, es handelt sich um eine Pilotstudie; Bestätigung durch größere Kohorten steht aus.
A Spanish pilot study (Frontiers in Immunology, 2023) with 30 people with ME/CFS, 22 with fibromyalgia and 26 controls found elevated markers of gut barrier dysfunction and bacterial translocation (among them zonulin-1, lipopolysaccharides/LPS, soluble CD14) in both patient groups compared with controls. In ME/CFS, zonulin-1 also correlated with the degree of autonomic dysfunction (measured with the COMPASS-31 questionnaire) — a possible but not causally proven link between the gut barrier and dysautonomia. The samples are small, this is a pilot study; confirmation in larger cohorts is still pending.
SIBO (small intestinal bacterial overgrowth, Dünndarmfehlbesiedlung) bezeichnet eine übermäßige bakterielle Besiedlung des Dünndarms, die zu vorzeitiger Fermentation von Kohlenhydraten mit Gasbildung (Wasserstoff, Methan) führen kann — diskutierte Symptome reichen von Blähungen und verändertem Stuhlgang bis zu Fatigue und Brain Fog nach dem Essen. Bei POTS und Dysautonomie wird ein Zusammenhang über die gestörte Darmmotilität diskutiert: Der Darm ist für den Weitertransport von Nahrung und die Kontrolle der Bakterienzahl auf ein intaktes autonomes Nervensystem angewiesen („migrierender myoelektrischer Komplex"). Konkrete, in Fachzeitschriften publizierte Häufigkeitsangaben für SIBO speziell bei POTS oder ME/CFS sind derzeit nicht belastbar belegt — verbreitete Zahlen wie „bis zu 80 % der ME/CFS-Betroffenen" stammen überwiegend aus Patient:innen- und Klinik-Ratgebern, nicht aus kontrollierten Studien, und sollten entsprechend zurückhaltend bewertet werden. Wichtiger noch: Der übliche diagnostische Atemtest (Laktulose-/Glukose-Atemtest) selbst steht seit einem 2024 von den Fachgesellschaften ESNM und ANMS veröffentlichten kritischen Konsenspapier in der Diskussion — die Autor:innen bemängeln eine hohe Rate falsch-positiver Ergebnisse und raten von einer unkritischen Nutzung des Atemtests bei funktionellen Magen-Darm-Beschwerden ab. Eine SIBO-Diagnose sollte deshalb nicht allein auf einem Atemtestergebnis beruhen, sondern im Gesamtbild mit Symptomatik und ärztlicher Bewertung gestellt werden.
SIBO (small intestinal bacterial overgrowth) refers to excessive bacterial colonisation of the small intestine, which can lead to premature fermentation of carbohydrates with gas production (hydrogen, methane) — discussed symptoms range from bloating and altered bowel habits to fatigue and brain fog after eating. In POTS and dysautonomia, a connection via impaired gut motility is discussed: the gut depends on an intact autonomic nervous system to move food along and control bacterial numbers (the "migrating motor complex"). Concrete prevalence figures for SIBO specifically in POTS or ME/CFS published in peer-reviewed journals are currently not robustly established — widely quoted numbers such as "up to 80% of people with ME/CFS" mostly come from patient and clinic guides, not controlled studies, and should be viewed with corresponding caution. More importantly: the usual diagnostic breath test (lactulose/glucose breath test) itself has been under debate since a critical consensus statement published in 2024 by the professional societies ESNM and ANMS — the authors report a high rate of false-positive results and advise against uncritical use of the breath test for functional gastrointestinal complaints. A SIBO diagnosis should therefore not rest on a breath test result alone, but be made in the overall clinical picture together with symptoms and medical judgement.
Eine prospektive Verlaufsstudie an 320 COVID-19-Betroffenen (plus Kontrollgruppen aus Angehörigen und seronegativem Klinikpersonal) fand nach 6 Monaten bei 6,6 % anhaltende funktionelle Magen-Darm-Beschwerden — am häufigsten ein Reizdarmsyndrom (2,5 %), gefolgt von funktioneller Diarrhö (2,2 %) und funktioneller Dyspepsie (1,9 %). Eine gezielte SIBO-Testung bei einer Teilgruppe symptomatischer Betroffener (n=27) war überwiegend unauffällig; ein relevanter Anteil zeigte stattdessen isolierte Kohlenhydrat-Malabsorption oder eine methanbildende Fehlbesiedlung. Diese eher moderaten, gut dokumentierten Zahlen relativieren die deutlich höheren, unbelegten Schätzungen aus Patient:innen-Ratgebern und zeigen: Magen-Darm-Beschwerden nach COVID-19 sind real und relevant, aber vermutlich seltener und heterogener als manche populäre Darstellungen suggerieren.
A prospective follow-up study of 320 people with COVID-19 (plus control groups of family members and seronegative healthcare workers) found persistent functional gastrointestinal symptoms in 6.6% after 6 months — most commonly irritable bowel syndrome (2.5%), followed by functional diarrhoea (2.2%) and functional dyspepsia (1.9%). Targeted SIBO testing in a subgroup of symptomatic patients (n=27) was mostly unremarkable; a relevant share instead showed isolated carbohydrate malabsorption or a methane-producing overgrowth. These comparatively moderate, well documented figures put the much higher, unsubstantiated estimates from patient guides into perspective and show: gastrointestinal symptoms after COVID-19 are real and relevant, but presumably rarer and more heterogeneous than some popular accounts suggest.
Unabhängig von der SIBO-Kontroverse gibt es einfache, risikoarme Maßnahmen, die die Darmmotilität unterstützen können: regelmäßige Essenspausen von 4–5 Stunden zwischen den Mahlzeiten und eine längere nächtliche Nahrungspause geben dem „migrierenden myoelektrischen Komplex" Zeit, den Dünndarm zwischen den Mahlzeiten „durchzufegen". Ein Symptomtagebuch hilft, individuelle Nahrungsmitteltrigger zu erkennen — die Symptom- und Ernährungserfassung in mypacing kann dafür genutzt werden. Eine Low-FODMAP-Diät wird von manchen Betroffenen als hilfreich beschrieben, ist aber als Dauerlösung nicht geeignet (Risiko einer unnötig eingeschränkten Ernährung und einer negativen Beeinflussung des Mikrobioms bei zu langer Anwendung) und sollte, wenn überhaupt, zeitlich begrenzt und mit fachlicher Begleitung (z. B. Ernährungsberatung) erfolgen.
Independent of the SIBO controversy, there are simple, low-risk measures that can support gut motility: regular 4–5 hour gaps between meals and a longer overnight fasting window give the "migrating motor complex" time to "sweep" the small intestine between meals. A symptom diary helps identify individual food triggers — the symptom and diet tracking in mypacing can be used for this. A low-FODMAP diet is described as helpful by some people affected, but is not suitable as a permanent solution (risk of an unnecessarily restricted diet and a negative effect on the microbiome if used for too long) and should, if used at all, be time-limited and accompanied by professional guidance (e.g. dietary counselling).
Bei ärztlich bestätigter SIBO kommt meist das Antibiotikum Rifaximin zum Einsatz, das überwiegend lokal im Darm wirkt; bei nachlassender Darmmotilität werden teils Prokinetika (z. B. niedrig dosiertes Erythromycin) zur Rückfallprophylaxe diskutiert. Low-Dose-Naltrexon (LDN, siehe Medikation-II-Kapitel) wird gelegentlich ebenfalls im Zusammenhang mit Darmmotilität diskutiert — auch hier ist die Evidenz bei ME/CFS/Long COVID/POTS spezifisch gering. Angesichts der oben beschriebenen Atemtest-Kontroverse gilt hier besondere Vorsicht: Eine antibiotische Behandlung sollte nicht auf Verdacht, sondern nur nach sorgfältiger ärztlicher Abklärung erfolgen.
When SIBO is medically confirmed, the antibiotic rifaximin is usually used, which acts predominantly locally in the gut; when gut motility is impaired, prokinetics (e.g. low-dose erythromycin) are sometimes discussed for relapse prevention. Low-dose naltrexone (LDN, see the Medication II chapter) is occasionally discussed in connection with gut motility as well — here too the evidence specific to ME/CFS/Long COVID/POTS is limited. Given the breath-test controversy described above, particular caution applies here: antibiotic treatment should not be started on suspicion alone but only after careful medical assessment.
Einordnung der Unsicherheiten: Die Darm-Hirn-Achse ist ein aktives, aber noch junges Forschungsfeld. Mikrobiom- und Permeabilitäts-Befunde sind Assoziationen, keine bewiesenen Ursachen. Die SIBO-Diagnostik per Atemtest ist fachlich umstritten. Populäre Häufigkeitsangaben aus Patient:innen-Ratgebern sollten nicht mit belastbaren epidemiologischen Daten verwechselt werden. Diagnose und Therapie gehören in ärztliche/fachärztliche Hand (Gastroenterologie).
Placing the uncertainties: the gut-brain axis is an active but still young field of research. Microbiome and permeability findings are associations, not proven causes. Breath-test-based SIBO diagnostics are professionally disputed. Popular prevalence figures from patient guides should not be mistaken for robust epidemiological data. Diagnosis and therapy belong in medical/specialist hands (gastroenterology).